Mõlemad nad õppisid Viljandi algkoolis ja Viljandi kreiskoolis. Koppel oli koolipoisina süsteemsem, korralikum ja asjalikum kui Tõnisson, kel oli kreiskoolis pidevalt pahandusi, sest ta tõrkus koolis kehtestatud ning talle ülekohtuste ja mõttetutena näivate ettekirjutuste vastu. Koppeli haridustee oli algusest lõpuni järjepidev ja katkestusteta, Tõnissonil aga pigem otsiv ja lünklik.
Tartu ülikoolis õppis Henrik Koppel arstiteadust ja Jaan Tõnisson õigusteadust. Eesti Üliõpilaste Seltsi juhtivad ja tegusad liikmed olid mõlemad. Koppel oli autoriteet, kes seltsi vilistlaskogu esimehena suutis juhtida siiani Tartut kaunistava EÜSi oma maja ehitust. Tõnisson ärgitas seltsi liikmeskonda täiskarsklusele ja algatas koos oma sõbra Oskar Kallasega eesti kirjaliku ja esemelise kultuuripärandi kogumise.