Seaduse kohaselt tagab volikogu sisekontrollisüsteemi rakendamise ja siseaudiitori kutsetegevuse korraldamise kohalikus omavalitsuses. Siseauditeerimise üldine töökorraldus on vaja aga ette näha linna põhimääruses. Kohaliku omavalitsuse korralduse seaduse ehk KOKSi järgi esitab linnapea siseaudiitori kandidaadi heakskiitmiseks linnavalitsusele, kes esitab selle volikogule, et saada ametisse nimetamiseks nõusolek. Siseaudiitor koostab eelarveaastaks tegevusplaani, mille linnavalitsus kiidab heaks ja esitab volikogule kinnitamiseks. Volikogu kuulab ära revisjonikomisjoni seisukoha ja kinnitab siseaudiitori tegevusplaani linnaeelarve vastuvõtmise päevaks. Oluline on, et neid seaduse tingimusi täites on volikogu kaasatud.
Tartus on küll siseaudiitor ja sisekontrolli osakond, kuid siseauditeerimise üldist töökorraldust ei ole ära märgitud linna põhimääruses.