Suur-Emajõgi on ametlik veetee, mis tähendab, et see on laevatatav, hüdrograafiliselt mõõdistatud ning vajaduse korral märgistatud.

«Suur-Emajõgi on saja kilomeetri pikkune veetee, kus võivad liigelda kõik veesõidukid olenemata suurusest, ent kõik sõidukid, mis on pikemad kui 2,5 meetrit, peavad olema registreeritud. Meeles tuleb pidada, et piirangud liiklemisel on looduskaitsealadel,» ütles veeteede ameti väike- ja siseveelaevade osakonna juht Andres Kõnd. «Emajõel kehtib laevatatavatel sisevetel liiklemise kord ning soovitame kõikidel väikelaevajuhtidel sellega mälu värskendamiseks tutvuda enne, kui paadiga teele asutakse.»

Kõndi sõnul puuduvad Emajõel kiirusepiirangud, välja arvatud Tartu linna piirides, need on kehtestatud 2013. aastal Tartu maavanema korraldusega. «Tartu linna piires on endiselt keelatud lainete tekitamine. Ohutuse tagamiseks tuleb erilist tähelepanu pöörata väljaspool ametlikke ujumiskohti suplevatele inimestele ning arvestada Emajõel treenivate Tartu ülikooli sõudesportlastega,» ütles ta. «Veesõiduohutus on meie kõigi ühine vastutus ning palume olla üksteise suhtes viisakad ning hoida silmad lahti võimalike ohtude suhtes.»

Ka kalapüügivahenditega ei tohi takistada laevateel liiklejaid ning keelatud on veesõiduki kinnitamine ja ankurdamine ujuvnavigatsioonimärkide külge.

Et Emajõe veetase on muutuv ning madala veetaseme korral võib veeteele sattuda märgistamata ohtusid, näiteks vette kukkunud puid. 2018. aastal eemaldati ainuüksi Emajõelt lisaks prügile kuus kuni seitse veoautokoormatäit puitu. Selline kogus on igal aastal.