Kui sakslased juulis 1941 vallutasid Tallinna, leiti vanglast vaid kohver Jaan Tõnissonile kuulunud esemetega. Tema kohta koostatud julgeolekutoimikus on küll märge, et seoses sõjaaja olukorraga evakueeriti ta Nõukogude Liidu tagalasse, kuid samas on ka märge, et otsingutega türmides ja laagrites (Kirovi oblastis jm) teda ei leitud. Selle kohta, et Tõnissoni vangilaagrites ei ole, vormistati ka ametlik teatis.
Ometi hakkasid peaaegu kohe, juba Saksa okupatsiooni aastatel, levima jutud sellest, et Tõnisson on elus ning teda on nähtud Venemaa vangilaagrites, küll Permis, küll Voronežis, küll Kirovis. Mitmedki mälestused kirjeldavad, et ühel või teisel juhul ja eri kohtades võis tegu olla Jaan Tõnissoniga. Kuid enamik kirjutajaist ei kohanud teda isiklikult ja edastas kellegi teise juttu või kuuldut.
Nii rääkis Johannes Vares-Barbaruse valitsuse sisekaitseülem Harald Haberman, hilisem Nõukogude Eesti akadeemik, 1985. aastal lugu sellest, kuidas 1942. aasta sügisel püütud Jaan Tõnissoni keelitada kõnelema nõukogude võimu nimel. Nimelt tekkinud Moskvas idee panna üks eesti rahva juhte raadios sakslaste vastu kõnelema. Hendrik Allik pakkunud selleks rahvajuhiks Tõnissoni.
Tehtudki Venemaa vangilaagris viibinud Tõnissonile ettepanek, et rääkigu rahvale vaid sakslaste vastu, kommuniste kiita polevatki vaja. Kuid Tõnisson keeldunud ja öelnud, et vihkab küll sakslasi, kuid kommuniste vihkab veelgi rohkem. Kuid samast 1942. aastast pärineb ka ametlik teatis, et Tõnissoni Venemaa vangilaagris ei ole.