Kui Hilda Tõnisson 1940. aasta 12. detsembri õhtul koju jõudis, leidis ta eest kolm võõrast meest, kes otsisid läbi nende korterit. Läbiotsimine kestis hommikul kella neljani. Jaan Tõnisson oli olnud kogu aeg väga rahulik ja valmistanud end ette selleks, mida teadis ees ootavat. Ta oli end pesnud ja pannud selga uued riided, pakkinud kohvri, söönud, jätnud jumalaga abikaasaga ning sammunud uhkelt nagu ikka, püstipäi, koduuksest välja. Tõnisson võttis kaasa kohvri isiklike esemetega ja voodivaiba. Kui üks vahistajatest oli talle öelnud, et voodivaipa pole küll vaja, oli Tõnisson vastanud: «Noormees, ma olen varemgi vangis olnud ja tean seepärast paremini, mida mul seal vaja läheb.»
Tõnisson 150. Jaan Tõnissoni saatuselool on mitu lõppu
Jaan Tõnisson viidi kodust ära 13. detsembri hommikul kella nelja ja viie vahel ning korter pitseeriti. Tõnisson oli vahistamismääruses kuulutatud «vaenulikuks elemendiks», kes oli sooritanud kuriteod nõukogude korra vastu. Tema esimene ülekuulamine oli kohe samal päeval.
Esialgu hoiti Tõnissoni Tartu vanglas. Seal vestles temaga vangla arst Peeter Hansen. Tõnisson rääkinud, et karastab end hommikuti külma veega ja arst hoiatanud külmetamise eest. Hilda Tõnisson käis vanglasse pakke viimas ning need võeti ka vastu. Kas Tõnissoni need ka kätte sai, pole teada.
11. jaanuaril 1941 viidi Tõnisson Tallinna keskvanglasse ehk Patareisse, sest Tartu kurtis tema allumatuse üle. Patareist transporditi Tõnissoni ülekuulamisteks Pagari tänaval asunud NKVD sisevanglasse. Protokollitud ülekuulamisi oli kümme, pikim vältas seitseteist tundi, algas õhtul ja kestis läbi öö järgmise pärastlõunani.
Süüdistuskokkuvõte koostati 29. juunil. Julgeoleku rahvakomissar Boris Kumm kinnitas selle järgmisel päeval. Tõnissonile esitatud süüdistused algasid 19. sajandi üheksakümnendatest aastatest, mil ta juba pidanud aktiivset võitlust revolutsioonilise liikumise vastu, ja hõlmasid kogu tema tegevust enne vabariiki ja selle ajal. Ajalehe Postimees väljaandmine oli eraldi nimetatud.
2. juulil vormistatud Balti sõjaväeringkonna tribunali istungi protokollis on kirjas Jaan Tõnissonile määratud karistus: surmanuhtlus, aluseks Vene NFSV kriminaalkoodeksi § 58 lõiked 4 ja 13. Tõnisson andis allkirja, et on süüdistusega tutvunud, aga end süüdi ei tunnistanud. Mis edasi juhtus, on tänini täpselt teadmata. Jaan Tõnisson kadus.
Kui sakslased juulis 1941 vallutasid Tallinna, leiti vanglast vaid kohver Jaan Tõnissonile kuulunud esemetega. Tema kohta koostatud julgeolekutoimikus on küll märge, et seoses sõjaaja olukorraga evakueeriti ta Nõukogude Liidu tagalasse, kuid samas on ka märge, et otsingutega türmides ja laagrites (Kirovi oblastis jm) teda ei leitud. Selle kohta, et Tõnissoni vangilaagrites ei ole, vormistati ka ametlik teatis.
Ometi hakkasid peaaegu kohe, juba Saksa okupatsiooni aastatel, levima jutud sellest, et Tõnisson on elus ning teda on nähtud Venemaa vangilaagrites, küll Permis, küll Voronežis, küll Kirovis. Mitmedki mälestused kirjeldavad, et ühel või teisel juhul ja eri kohtades võis tegu olla Jaan Tõnissoniga. Kuid enamik kirjutajaist ei kohanud teda isiklikult ja edastas kellegi teise juttu või kuuldut.
Nii rääkis Johannes Vares-Barbaruse valitsuse sisekaitseülem Harald Haberman, hilisem Nõukogude Eesti akadeemik, 1985. aastal lugu sellest, kuidas 1942. aasta sügisel püütud Jaan Tõnissoni keelitada kõnelema nõukogude võimu nimel. Nimelt tekkinud Moskvas idee panna üks eesti rahva juhte raadios sakslaste vastu kõnelema. Hendrik Allik pakkunud selleks rahvajuhiks Tõnissoni.
Tehtudki Venemaa vangilaagris viibinud Tõnissonile ettepanek, et rääkigu rahvale vaid sakslaste vastu, kommuniste kiita polevatki vaja. Kuid Tõnisson keeldunud ja öelnud, et vihkab küll sakslasi, kuid kommuniste vihkab veelgi rohkem. Kuid samast 1942. aastast pärineb ka ametlik teatis, et Tõnissoni Venemaa vangilaagris ei ole.
Jaan Tõnissoni abikaasa Hilda koos tütarde ja poeg Helduri, Ilmari poja Tõnise ning oma ema Annaga pääses Rootsi. Aastakümneid püüdsid nad Välis-Eesti organisatsioonide abiga selgitada Jaan Tõnissoni saatust. Eestis tegid selleks palju tööd muinsuskaitse selts, Jaan Tõnissoni instituut ning paljud aja- ja koduloolased.
30. novembril 1989 rehabiliteeriti Jaan Tõnisson postuumselt. Juulis 1997 algatas kaitsepolitsei meediaärimeeste Hans H. Luige ja Rein Langi avalduse alusel kriminaalasja kriminaalkoodeksi paragrahvi 161-1 lõige 1 tunnustel seoses Eesti Vabariigi riigiametnike mõrvamisega 1940. aasta juunist 1941. aasta juulini. Nimetatud ajavahemik hõlmab ka Tallinnas Pirita-Kosel nn Scheeli krundil 1941. aasta juuli alguses toime pandud Eesti riigitegelaste massimõrva.
Kriminaaluurimine kestab, kuid kaitsepolitsei vastava osakonna töötajate kinnitusel pole see seni Tõnissoni kohta esile toonud mingit uut teavet. Kuid kaitsepolitsei väitel ei kinnita siiski ükski teadaolev fakt võimalust, et Tõnisson viidi Venemaa vangilaagrisse. Kõik järeldused viitavad vaid sellele, et ta mõrvati Tallinnas.
On võimalus, et Jaan Tõnisson oli nende mõrvatute hulgas, kelle surnukehad leiti Saksa okupatsiooni ajal Scheeli krundilt ja maeti Liiva kalmistu ühishauda. DNA-proove ju ei tehtud ning tuvastati vaid üksikud surnukehad. On ka palju teisi võimalusi. Nõukogude ajal Tartu korrusmaja pimedas trepikojas ostetud koguteose «Jaan Tõnisson töös ja võitluses» (Tartu 1938) vahelt leitud paberitükil on kirjas, et Tõnisson lasti maha 3. juuli varahommikul Patarei vangla saunas. Laip visatud aja puudusel merre. Kes selle kirjutas ja kas see on tõsi? Ei tea.
Ma siiski usun, et kord tuleb aeg, mil võidab õiglus ja selgub kogu tõde. Jaan Tõnissoni 150. sünniaastapäevaks seda veel ei ole.