Jaan Tõnissoni armumine ja abiellumine 1910. aastal tekitas Tartu seltsielus palju jutuainet ja elevust. Mitte ainult seetõttu, et Tõnisson oli siis juba 42-aastane ja teda peeti vanapoisiks, kellest arvati, et tal on aega ja tahtmist tegeleda vaid Eesti asja ajamisega, olgu siis ajalehe Postimees toimetuses või Tartu seltsielus.
Tõnisson 150. Linn lõi kihama: Tõnisson võttis naise
Elevust suurendas ka Tõnissoni väljavalitu, preili Hildegard (kutsuti Hilda) Lõhmus, Tartu õllevabrikandi Hendrik Lõhmuse ja Anna Lõhmuse tütar, kes oli Tõnissonist poole noorem ning kelle vanemad ei olnud oma võimalikust väimehest esialgu sugugi vaimustatud ja püüdsid abielu isegi takistada.
Kuid Tõnisson oli oma tunnetes nii kindel ja tahtmises jagada edasist elu just Hildaga nii veendunud, et ta ei andnud alla (allaandmine polnud ka tema loomuses). Ta leppis esialgu juhuslike kohtumistega Tähtvere pargis, kirjutas pikki ja ilusaid armastuskirju ning sõitis Hildale järele, kui vanemad saatsid tütre Berni või Zürichisse. Tõnissoni toetas sel talle mitmeti keerulisel ajal kõige rohkem Oskar Kallas, kes püüdis korraldada Tõnissoni suhteid Hilda vanematega, jagas Tõnissonile tasakaalukaid nõuandeid ja vaatas ka Postimehe järele, kui Tõnisson Hildale varakevadel Šveitsi järele sõitis.
Tulnud aprillis tagasi Tartusse, hakkas noorpaar elama Tõnissoni ehitatud majas Tööstuse (nüüd Anna Haava) tänaval. Esimene juurdeehitis tehtigi majale, mis polnud veel lõplikult valmis ehitatudki, juba samal aastal. Esimene poeg Ilmar Hans sündis perre järgmisel aastal.
Perekonnaelu muutis veidi Tõnissoni senist päevakava. Enne abiellumist oli ta veetnud põhiosa päevast väljaspool kodu, ajalehetoimetuses või koosolekutel Tartu seltsides. Nüüd püüdis ta oma päevaplaane nii seada, et sai toimetusse veidi hiljem minna ja õhtupoolikul enne õhtul kell seitse või kaheksa alanud seltside koosolekuid paar tundi kodus olla. Kirjatööd tegi ta endiselt öösel või varahommikul, sest uneaega ei vajanud ta kuigi palju, ainult neli-viis tundi.
Juba 1906. aastal Erikale soetatud talude põllumaa ja kariloomadega tegeles edasi Mursilt Erikale kolinud noorem vend Hans. Erikale rajatud õunaaiaga aga Jaan Tõnisson ise. Kevadises õitekülluses õunapuud oli vaatepilt, millest Tõnisson ei tüdinud iial.
1912. aastal sündis perre poeg Heldur Jaan ja 1916. aastal tütar Hilja Rut.
1918. aastal, kui Jaan Tõnisson oli enamlaste vangistusest pääsemiseks sunnitud lahkuma Eestist ning viibis Eesti välissaadikuna Stockholmis, sündis pere kolmas poeg Lembit-Rein. Viies laps oli tütar Mari-Ann Lagle, kes sündis 1922. aastal.
Tõnissonide pere kodu oli alati Tartus Tööstuse tänaval. Lisaks algse elumaja kohendamisele ja laiendamisele laskis Tõnisson 1927. aastal selle kõrvale ehitada ka teise, kivist ja mitme eraldi korteriga maja. Pere oli ju suur ja lisaruume oli vaja.
Lisaks Tõnissoni eluaegsele teenijale Tehase Katale, kes oli Tõnissoni juurde Mursilt tulnud kohe, kui Tööstuse tänava maja sai katuse alla, ja oli Tõnissonide ustav abiline oma elu lõpuni, elas Tõnissonide juures veel rahvast: lapsehoidja Rosalie Paabut ning pärast Hilda isa surma ka Hilda ema Anna Lõhmus ja Hilda kasuõde Minna Visnapuu.
Kui vanem poeg Ilmar 1932. aastal abiellus, jäi temagi pere, abikaasa Amanda ja nende väikese poja Tõnise elukohaks Tööstuse tänav. Kuigi Eesti Vabariigi aastatel oli Jaan Tõnisson palju seotud töökohustustega Tallinnas, oli perel Tallinnas ikka vaid üürikorter ja Tõnisson armastas öelda: «Ma pole Tallinna vastu, ma olen Tartu poolt, sest siin on mu kodu.»
Tõnissonide pereelu oli õnnelik. Selles oli vastastikust armastust, üksteise austamist ja usaldust. Sellesse tõmbas mustad vaod vaid noorima poja Reinu ootamatu ja halastamatu lõpuga haigus 1934. aastal ning vanima poja Ilmari vägivaldne surm 1939. aastal.
Poegade kaotuse valu painutas isegi muidu alati püstipäist Jaan Tõnissoni. Painutas, kuid ei murdnud teda. Ja kui nõukogude võim ta 1940. aasta detsembris vangistas, sammus ta vangistatuna endiselt sirgeselgsena, pea püsti. Ta läks oma saatusele vastu ausa inimesena, kes polnud kunagi kellegi ees küürutanud, kes oli alati truuks jäänud oma põhimõtetele, kes oli ise elanud ja püüdnud teistelegi kindlustada elu, mida viivad edasi aated ning milles ei kustu armastus oma kodu, pere, rahva ja isamaa vastu.