Ministeeriumi asekantsleri Tarvi Sitsi kirjaliku kommentaari järgi pingestab see põhjendamatult muuseumi põhitegevuseks ettenähtud eelarvet ning sellega seotud töid ja arendusi.
Mahukas audit enam kui sajal leheküljel esitab hulga küsitavusi ja puudusi.
Audiitori üks tähelepanekuid on, et toitlustusalal on mullu augustist novembrini makstud toitlustusjuhi ja peakoka töötasu riigieelarve rahast. Omatulu teenivate alade kulud tuleb katta riigiabi vältimiseks aga omatulust. Puudusi tuvastati toiduvaldkonna laomajanduses.
Kriitilisi tähelepanekuid oli mitme valdkonna kohta. Näiteks et ERM on ostnud Eesti Üliõpilaste Seltsist liputeemalisi kaupu, kuid selles võib näha korruptsiooni- ja maineriski, sest ERMi avalike suhete juht Kaarel Tarand on ja ERMi direktor Tõnis Lukas on olnud EÜSi liige.
Ka on audiitor osutanud, et muuseumi suhted muuseumi toetuseks loodud ERMi sõprade seltsiga pole selgetel alustel. MTÜ palku on pikka aega makstud ERMi eelarvest.
Audiitor leidis, et aruandes kajastatud puuduste üldine põhjus on ERMi kiirest kasvust tulenev protsesside ebapiisav ajakohastamine. ERMis puuduvad või vajavad olulist täiendamist mitmed siseregulatsioonid, mis on vajalikud sisekontrollisüsteemi toimimiseks. Näiteks sularahakassa, eelarvestamine ja omatulude prognoosimine, korruptsiooni ennetamise meetmeid käsitlev kord, asjaajamiskord, hangete kord.
Tõnis Lukas ütles ajalehele, et teema kajastuse juures üllatab teda, kuidas seda auditit esitatakse olevikusündmusena, justkui tegeldaks käesoleva aja puudustega, kuid auditi koostamine käis märtsis-aprillis ja esitatud kriitikale vastas muuseum juba siis. Suur osa ettepanekuid olevat juba ellu viidud.