Põllumajandusülikool kavandab ulatuslikku struktuurireformi, mis senise kava kohaselt jätab teaduskondade ja instituutide asemel alles viis teadusvaldkondi koondavat instituudilaadset struktuuriüksust. Rektor Alar Karise selgitusel on reform ajendatud põllumajandusülikooli liigsest killustatusest, mis pärsib nii õppe- kui ka teadustööd ja raiskab raha ning inimpotentsiaali. Kuus teaduskonda ja kaheksa instituuti, millest igaühel on oma ülemus - seda on Karise hinnangul liiga palju.